主要是由细菌所致，在致病菌中许多属于条件致病菌。尿道是与外界相通的腔道，有相当数量的细菌寄居。由于尿道具有防御能力，从而使尿道与细菌、细菌与细菌之间保持平衡状态，通常不引起尿路感染。

　　当人体的防御功能被破坏，或细菌的致病力很强时，就容易发生尿路感染。一般认为，尿路感染的发病机制取决于细菌的致病力和机体的防御功能两方面。在疾病的进程中，又与机体的反应有关。

　　（1）尿路的防御功能：健康人的膀胱尿液是无菌的，尽管前尿道及尿道口有大量的细菌寄居，且可上行至膀胱，但上行至膀胱的细菌能很快被消除。留置导尿4日，90%以上可发生菌尿，但拔掉导尿管后多能自行灭菌。由此说明，膀胱具有抑制细菌繁殖的功能。

　　一般认为，尿路的防御功能主要有如下几个方面：①尿路各部分的正常的神经支配、协调和有用的排尿活动具有重要的防止感染作用。②较为重要的防御机制是尿路粘膜具有抵制细菌粘附的能力。动物实验表明：尿路上皮xibao可能分泌粘蛋白，如氨基葡萄糖聚糖、糖蛋白、粘多糖等，皆有抗细菌粘着作用。③也有动物实验证明：膀胱粘膜具有杀菌能力，膀胱可分泌抑制致病菌的有机酸、IgG、IgA等，并通过xibao的作用来杀菌。④ 尿pH值0、含高浓度尿素和有机酸、尿液过分0张和高张等因素均不利于细菌的生长。⑤如果细菌仍不能被清除，膀胱粘膜可分泌抗体，以对抗细菌入侵。⑥男性前列腺液具有抗革兰氏阴性肠道菌的作用，其抗菌作用可能与它的锌浓度有关。

　　（2）病原菌的致病力：健康人尿道周围平时寄生的细菌以乳酸杆菌、表皮葡萄球菌、粪链球菌、类白喉杆菌为主。在尿路感染以前，该处菌种发生了变化，以大肠杆菌为主。大肠杆菌是尿路感染主要的致病菌。

　　细菌之能定居于尿路并引起感染，常因这些细菌有粘着于尿路粘膜的能力，这是发病机制中很重要的环节。细菌一旦粘着于尿路粘膜后即可定居、繁殖，终而侵袭组织而形成感染。

　　（3）反应：在尿路感染的病程中，一旦细菌侵入尿路，机体即有反应。无论是局部的或是全身的，这些反应与身体其他部位的反应相同。球蛋白及补体的活动皆可促进巨噬xibao及中性白xibao的调理素作用及功能。

　　此外，补体的激活可使细菌溶解。上述非特异性反应皆为细菌粘着造成障碍。若感染时期较长，患者机体则可产生特异性蛋白。有关实验研究表明，人体这种反应对细菌的血行性和上行性感染有防御作用。