非淋菌性尿道炎虽然症状较淋病轻,但危害并不比淋病轻。由于症状较轻,很多患者失去了医治的佳时期,从而使医治非常困难,本病尤其在女性中症状很其轻微,而女性感染者由于症状轻微往往不予医治,增加了本病传播的机会。本病除引起尿道炎外,在女性约一半以上的患者有合并症,如子宫内膜炎、输卵管炎、宫外孕、不育症和流产。